Alle Arten mit kugelförmigen Fruchtkörpern, deren Fruchtschicht sich weitgehend geschlossen im Inneren berindet und die sich aus Asci und Paraphysen oder aus Asci und Pseudoparaphysen oder ohne interascale Elemente zusammensetzt.

Die Klassifikation der Kernpilze ist komplex und wird sich aufgrund genetischer Analysen zukünftig ändern. Derzeit gibt es das traditionelle System mit den zwei artenreichen Klassen Dothideomycetes und Sordariomycetes. Sie unterscheiden sich in der Art der Sporenwand sowie in einigen weiteren, aber uneinheitlichen Merkmalen. Die Arten der Klasse Dothideomycetes bilden fissitunikate Asci mit doppelter Sporenwand, ihre interascalen Elemente werden Pseudoparaphysen genannt, da sie zumindest im jungen Stadium eines Fruchtkörpers an beiden Enden mit der Fruchtkörperwand verwachsen sind. Die Ascuswände der Sordariomycetes sind im Vergleich dazu zwar nicht unbedingt dünnwandig, bestehen aber aus nur einer einzigen Wand und sind folglich nicht fissitunikat. Zur Erklärung der Fachbegriffe: siehe Glossar (in Bearbeitung).

Zur einfachen Bestimmung der Kernpilze ist die richtige Beurteilung der Sporen elementar. Schon Saccardo teilte die kleinen, unscheinbaren Pilze mittels ihrer Sporenform und -farbe in Gruppen ein, und da ich das Rad nicht neu erfunden wollte, habe ich es ihm gleich getan. Die folgenden Sporentypen sind bei Kernpilzen anzutreffen:

Zu den Arten:

0s-hyalin
0s-phaeo


Zu den Arten:

1s-hyalin
1s-hyalin, apiospor
1s-phaeo
1s-phaeo, apiospor


Zu den Arten:

2s-hyalin
2s-bicolor
2s-phaeo


Zu den Arten:

3s-hyalin
3s-bicolor
3s-phaeo


Zu den Arten:

4s-hyalin
4s-phaeo